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    項目介紹

    RIP-seq(RNA Immunoprecipitation)是研究細胞內(nèi)蛋白與RNA相互作用的技術,是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡動態(tài)過程的有力工具,能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。

    技術原理

    RIP-seq是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經(jīng)過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀RIP技術的類似應用,但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物,因此RIP實驗的優(yōu)化條件與RIP實驗并不相同。RIP實驗下游結合二代測序技術稱為RIP-seq,通過高通量測序和分析,深度解析與目標蛋白相互結合的RNA的區(qū)域或種類和相互作用強弱。

    應用

    RIP-seq技術可用于研究蛋白質(zhì)與RNA的直接作用、蛋白在轉(zhuǎn)錄層面相互作用、研究與蛋白結合的RNA序列。

    實驗流程

    分析流程

         1.基礎分析流程

        2.可選分析流程


    樣品要求

    送樣要求

    1.提供無支原體或其他污染,活力達90%以上的細胞,細胞數(shù)量≥2.5X107。

         2.運輸前細胞需交聯(lián)固定(固定方法可聯(lián)系技術經(jīng)理獲取)。

         3.保存于-80℃冰箱,干冰運輸。

    項目案列

    GO分析SRSF6下游的靶點基因所涉及的細胞通路及功能

    RIP-Seq與RNA-Seq聯(lián)合分析獲得SRSF6的RNA序列結合熱點

    PRC2的RIP-Seq所獲得的RNA表達值以及屬性分析結果

    RIP-Seq的原理圖以及5mC富集的RNA在編碼序列上的分布和含5mC的RNA的表達水平分析

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