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一、蛋白質(zhì)大規(guī)模鑒定（LC-MS/MS SHOTGUN)分析：

1999年，Yates研究組提出“鳥槍法”(shotgun)，其基本技術(shù)路線是針對液體或SDS-PAGE條帶的復(fù)雜混合物用酶（Trypsin）酶解成肽段混合物，然后對肽混合物進(jìn)行多維毛細(xì)管液相色譜分離和串聯(lián)質(zhì)譜分析以及數(shù)據(jù)庫檢索，從而確定蛋白質(zhì)的種類，可同時鑒定成百上千種蛋白質(zhì)。他們把這種思路稱為多維蛋白質(zhì)鑒定技術(shù)，即Mud PIT(multidi-mensional protein identification technology)。與傳統(tǒng)的雙向電泳技術(shù)相比具有靈敏度更高，動態(tài)檢測范圍更廣等特點。研究對象是完整的組織、體液或其提取物，其目的在于鑒定出盡可能多的肽和蛋白質(zhì)分子。將溶液內(nèi)蛋白質(zhì)分子或SDS-PAGE條帶的復(fù)雜混合物酶解成肽段混合物，通過液相色譜分離，如2D-LC（陽離子柱SCX和C18反相柱串聯(lián)）或1D-LC的C18反相柱，串聯(lián)質(zhì)譜測試，最后用相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索匹配，可同時鑒定成百上千種蛋白質(zhì)。

二、蛋白質(zhì)膠點鑒定

利用MALDI-TOF/TOF蛋白鑒定技術(shù)對考/銀染的2D或DIGE點樣本或者較純的蛋白樣本進(jìn)行蛋白鑒定。適合較純或比較單一的蛋白質(zhì)樣品，如雙向凝聚電泳差異點鑒定。基本流程是雙電泳后選出差異蛋白點，進(jìn)行膠內(nèi)酶切，然后使用MALDI-TOFTOF質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定。該技術(shù)具有速度快通量高的特點。

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